在台湾县市长选战进入最后冲刺阶段之际，台湾医界、学界和公民团体，质疑争取连任的台北市长柯文哲关于器官捐赠的博士论文，违反医学伦理和学术伦理，要求教育部撤销其博士论文及资格。

柯文哲在2002年就读台湾最高学府台湾大学医学院临床医学研究所时，撰写的博士论文主张用仪器控制病人死亡时间，以方便取得病人的新鲜器官。

“论文违法、加工死亡、撤销柯文哲博士资格（现场口号）”

有外科医师、台大教授和独派团体代表十余人，8号聚集教育部前抗议，并递交检举函，指控柯文哲的论文违反医学伦理及学术伦理，要求教育部撤销柯文哲博士论文及资格。

台湾关怀中国人权联盟理事长杨宪宏说，柯文哲操纵死亡，在病人还有心跳时，给予药物，以强摘器官，病人当时还是会痛，只是叫不出来。他表示，柯文哲这样的处理过程，相当残忍，台大应该进行处理。

杨宪宏质疑：“柯文哲用的字：病人心跳停止后，录下心电图，取得心跳停止之书面证明，准备给检察官签。这是加工死亡的过程。”

博仁综合医院心脏血管外科主任苏上豪说，他做过上万例手术包含心脏等器官移植。“无心跳器捐（没有心跳的器官捐赠）”有三项原则，病人要能自己断气，不能加工打药，不能加工取器官。

苏上豪说，有三大铁证证明柯文哲违反医学伦理和学术伦理：“他（柯文哲）装叶克膜（体外人工肺）这就不对的，他有没有告诉病人家属，可以不用装叶克膜装器官，因为我们的国家的人体器官移植条例里面讲的，摘器官、尸捐，等病人死亡就可以摘。第二个，他用的叶克膜的钱那里来的，告诉我们。第三个，为什么要打药让病人事先死亡？”

参与抗议活动的台湾教师联盟理事长萧晓玲反问，医师到底是救人还是杀人？柯文哲眼中只看到需要新鲜器官的病人和家属，怎么没看到对濒临死亡病人的不人道？

教育部高等教育司专门委员王淑娟接收陈情书后表示：“学位论文一般会要求学校依照程序作进一步处理，一般学术伦理查处过程看案件的复杂程度不一定，原则上是4到6个月的处理期限。”

台北市长柯文哲8号被问到此事时，只表示：“其实这个已经打过了，这也是很奇怪，一个题目可以四年前打一遍，现在再打一遍，无法理解。比较奇怪的是，四年前是国民党打，现在换独派打。”

对此，台湾社、北社等抗议团体回应，这篇博士论文是2018年有医界及法律界共同发现新事证，2014年时只有葛特曼屠杀书中内容，本次文件已超越葛特曼指控。呼吁柯市长勇敢面对，不要再混淆视听，顾左右而言他。

此外，曾在电台担任主持人的许荣棋，上月到卫福部检举柯文哲违反医师法，要求撤销其医师执照。许荣棋11月7号下午前往台北地检署，告发柯文哲涉犯刑法杀人罪、毁弃尸体等罪。

柯文哲竞选总部则未见进一步回应。