一九六八年至六九年的“清理阶级队伍”（简称“清队”），是毛泽东和周恩来联手“横扫一切牛鬼蛇神”的高潮，也是文革中死人最多的时期。
全国两千余县，一个县平均一百左右死于“清队”。如黑龙江省宾县，打死一百四十三人，打残三十二人。
在这场运动中，二百多人非正常死亡的县不算是多的。如上海川沙县，“五千零六十三人遭揪斗，二百三十六人非正常死亡。”譬如上海宝山县“清队”，“经县革委会审批的揪斗对象一千七百零二人……全县清队中非正常死亡人数达三百三十四人。”
人口特别少的县，在“清队”中被整死的人数才少于一百。譬如中苏边境上的人口仅数万的爱晖县，关押看管了一千五百多人，“造成六十五人非正常死亡”。
若以一个人口一至二万人的人民公社为单位来看，死人数则大约数以十计。如上海奉贤县新寺人民公社有九十一人被批斗，四十八人被批判，十一人被整死。广西扶绥县昌平公社，“清队”时“全社非正常死亡二十三人。”吉林省延吉县“深挖地下国民党特务，深挖朝鲜特务”，“棒子底下出特务”，只有一百一十户人家的桦田生产大队竟有四十四人被揪斗，致死致伤四十一人。
各级革命委员会是这场运动的执行者。比如辽宁台安县城乡各单位“用法西斯的手段私设公堂、严刑拷打……橡皮鞭、斗弓子、木棒子、炉勾子，各种刑具交替使用，喷气式、挂黑板、举砖头、跪碗渣，应有尽有。”“新挖出各种‘阶级敌人’一千二百八十八名”，使“一百三十五人死亡、许多人致残。四十三人被投狱判刑。”辽宁凌源县，仅子虚乌有的“国民党反共救国团”一案便揪了九百一十三人，”致死二十五人，致残五十一人。”
按照毛泽东“专政是群众的专政”的指示，各地都层层建立了“群众专政指挥部”。以江西万年县为例采用的“刑罚种类有捆绑、吊打、压贡子、站凳头、跪瓦片、坐老虎凳、作喷气式、电触、红铁烙、灌吃大粪、开水浇头、大热天反穿羊皮大衣晒太阳等数十种。大黄公社一位女医生被诬为‘现行反革命’，揪出来用电触奶头、用开水浇阴道，当场昏死，目不忍睹。据公安局统计，全县被打死或被迫害至死的有二百一十四人。”一九六八年五月，山西乡宁“乱捕乱斗、挂牌游街、殴打干部群众一千二百多人次，其中打死二十六人，打伤打残五十多人。”六月，抓捕一批中学生，刑讯逼供，打死三人，打伤打残十多人。执掌各省、市党、政、军大权的军人是这场运动的指挥者。如黑龙江省大庆油田于一九六八年五月成立革命委员会，第十六军副军长诸传禹担任主任，在“清队”运动中，“自杀、打死人的现象不断增多，一至四月份自杀十五人，五至六月份自杀三十六人，打死七人。”
工人本不是文革的目标，但毛泽东有“文革是国共两党斗争的继续”的指示，国民党时期的老工人也成了斗争对象。北京二七机车车辆厂是毛泽东亲自抓的所谓“六厂二校”之一，是全国“清队”运动的样板。军宣队领导下，一千四百多名一九四九年前进厂的老工人中，九百多人被“审查”，逼得十四名老工人自杀身亡。甘肃玉门油矿曾是国民党执政时期中国主要的石油企业，凡共产党接管油矿时年满十八岁的都要“过筛子”，整死了九名干部和八名工人，数百人被毒打致残、精神失常。陕西铜川市焦坪煤矿挖出一个“反共救国军”，省革委会副主任胡炜（二十一军军长或政委）亲自驱车到焦坪煤矿督阵，“进一步掀起对敌斗争新高潮”，严刑逼供。无端受株连却多达五百多人，含冤自杀的有八人。
石家庄铁路局的“清队”，是一场大血案。“仅这一血案，被迫害的干部、工人，就达一千六百四十五人，其中致死四十八人，致残一百二十八人。”知识分子集中的地方是当然的“清队”重点。湖南大学自“学校革委会成立后，被乱捕乱关和游斗的就有三百多人，其中，被迫害自杀死亡的十八人，长期挨斗折磨致死的六人，被错判刑的十六人。”中国科学院上海分院各研究所有六百多人被诬为特务，其中二百多人被“隔离审查”，二人被活活打死，十人打成残废，四人自杀，包括一九四九年从美国归来的女科学家雷宏淑；另有九人自杀获救未死。
粗略估计，死于“清队”的人数应在五十万人以上。
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